次氯酸鈉消毒液體主要以次氯酸鈉發生器生產。因為，它生產出的次氯酸鈉液體比較穩定、單一，也容易保存，不含制氯廠出品的那些復雜甚至有害的成分。就消毒而言，次氯酸鈉液還是具有明顯優勢的。同水的親和性很好，能與水任意比互溶，它不存在液氯、二氧化氯等藥劑的安全隱患，且其消毒效果被公認為和氯氣相當加之其投加準確，操作安全，使用方便，易于儲存，對環境無毒害，不存在跑氣泄漏，故可以在任意環境工作狀況下投加。
事實上，次氯酸鈉廣泛用于包括自來水、中水、工業循環水、游泳池水、醫院污水等等各種水體的消毒。次氯酸鈉還能夠破壞氰根離子，用作處理含氰廢水。高濃度的次氯酸鈉液體還可以用于剝離設備及管道上附著的沾泥。
次氯酸鈉的殺菌原理主要是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的極強氧化性使菌體和病毒的蛋白質變性，從而使病源微生物致死。
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