次氯酸鈉溶液在處理醫療污染物品時，通常來說，浸泡消毒對于一般污染的醫療器材,可以用1500mg/L有效氯的次氣酸鈉水溶液浸泡30min,從而達到殺滅各種細菌繁殖體,真菌和結核分枝桿菌,亦可滅活各種病毒。有明顯血跡者、膿及排泄物污染的物品，要用5000~10000mg/L有效氯,浸泡30~60min,可達到清洗前的無害化處理。
使用次氯酸鈉消毒處理透析器,不僅可以消除微生物污染,特別是可有效滅活HBV、HCV和HIV等血液傳播性致病因子,亦可祛除熱原物質。處理時,先將透析機系統血跡沖洗干凈,灌注5000mg/L有效氯的次氯酸鈉溶液,12h后:更換1次,保持24h以上,用無菌蒸餾水沖洗干凈即可。但次氯酸鈉對醋酸纖維膜透析器有一定損壞作用。
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