次氯酸鈉用于中水(即再生水，其水質介于污水和自來水之間，是城市污水、廢水凈化處理后的水)、污水消毒時一般將原液稀釋成30%的濃度后使用，使用時直接用耐腐蝕計量泵加入水系統，宜將水系統的pH值控制在6.0以下，常用于耗氯量較少的水系統。次氯酸鈉在水處理領域用作凈水劑、消毒劑、殺菌劑;用于工業水和游泳池水的殺菌消毒和滅蘭;也用于分解有機物，以及用作去除鐵、錳的助劑等。
次氯酸鈉消毒水的毒性：小白鼠灌胃屬實際無毒級，無明顯蓄積作用，無致突變活性。含有效氯6.82%的消滌凈(以次氯酸鈉為主要成分)小鼠急性經口LD3o為5000mg/(kg.bw)屬無毒。低濃度對皮膚無刺激性。高濃度對皮膚、黏膜有較強的刺激作用。因此在使用時需要格外的注意，避免皮膚挨到。
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